ワードプレス の方がメインかどうかにもよります。

ただエディタとして記事を書いて、プラグインを使いたいのであれば、ワードプレス の方をノーインデックス、ノーフォローにすればいいのではないでしょうか？

検索エンジンにインデックスさせなければ、重複は避けられるかと。