오랜만에 보는 d3.js네요. 작년까진 많이 썼었는데 ^^
일단은 오픈소스 라이브러리이고 도큐먼트도 한글화가 잘 되어있으며 json parser를 내장하고 있다는 점에서 훌륭한 시각화 라이브러리라고 볼 수있습니다. 저는 forced directed graph를 주로 많이 사용했던 것 같군요.

특히나 활용하고 계시는대로 생명공학, 의학쪽에 잘 맞게 만들어져있구요.
저도 레퍼런스를 찾다보니 이미 몇년전부터 이걸 활용한 유전학적 분석 레이아웃을 만든 사례가 꽤 되더라구요.
다만 염려가 되는 부분이 주요 개발자가 재작년에 오픈소스 커뮤니티를 이탈한 것으로 기억하고 있어서...